Siedlungsspuren des frühen Chalkolithikums (4. Jahrtausend v. Chr.) auf dem Tafelberg bilden die ältesten Zeugnisse. Der in einem hethithischen Staatsvertrag von ca. 1235 v. Chr. Parḫa genannte Ort ist mit Perge gleichzusetzen. Dies lässt auf eine spätbronzezeitliche Siedlung schließen, deren Reste mittlerweile entdeckt und 2010 publiziert wurden.
Für die hethitische Zeit gibt es bisher nur wenige archäologische Zeugnisse, ebenso für die nach der lokalen Tradition angeblich nach dem Trojanischen Krieg erfolgte griechische Einwanderung. So werden etwa zwei Teilnehmer am Trojanischen Krieg als Gründungsheroen genannt – die Seher Kalchas und Mopsos.
Im 7. Jahrhundert v. Chr. begann unter rhodischem Einfluss die Entwicklung zu einer griechisch geprägten Siedlung, nachdem Perge im 10.–8. Jahrhundert v. Chr. offenbar engen Kontakt zu Zypern pflegte. Als führende Stadt gehörte Perge dem Attisch-Delischen Seebund an.
Die Stadt ergab sich Alexander dem Großen, danach unter seleukidischer und ptolemäischer Herrschaft,
nach dem Frieden von Apameia von 188 bis 133 v. Chr. unter pergamenischer Herrschaft; danach römisch. Perge wurde 73/74 n. Chr. Hauptstadt der Provinz Lycia et Pamphylia