Der Name des Ortes kommt von „Labrys“, der heiligen Doppelaxt, die vor den Karern bereits von den Kretern, den Hethitern, und angeblich den Amazonen verehrt wurde.

Labranda als Heiligtum des karischen Zeus Stratios oder Labraundos blühte in der Zeit des Königs Mausolos und seines Bruders Idrieus. Es war durch eine 14 Kilometer lange Kultstrasse mit der damaligen Hauptstadt Mylasa (Milas) verbunden.
Labranda, berühmt durch sein labendes und heilkräftiges Quellwasser war auch der Ort eines Fischorakels. Die „Medien“ schwammen in einem quadratischen Bassin und konnten Fragen mit „ja“ oder „nein“ beantworten, je nachdem, ob sie angebotenes Futter annahmen oder verweigerten.
Die ältesten Teile Labrandas gehen bis auf das 7. Jahrhundert v. Chr. zurück. Die meisten heute zu sehenden Bauten wurden aber zwischen 377 und 344 v. Chr. unter Mausolos und Idrieus errichtet. Später verlegte Mausolos seine Residenz nach Halikarnassos (Bodrum).
Nach dem Tod des Idrieus begann der Niedergang des örtlichen Kultes und Labranda geriet im Laufe der Zeit in Vergessenheit.