Der Siedlungshügel Tilkitepe (Fuchshügel) nahe der Stadt Van zeigt, dass die Gegend um 5000 v. Chr. schon besiedelt war. Die Geschichte Vans als Stadt reicht knapp 3000 Jahre zurück. Unter dem Namen Tuschpa war Van seit dem 9. Jahrhundert v. Chr. die Hauptstadt des Königreiches von Urartu. Die Stadt bildete sich um die urartäische Festung bei dem heutigen Van Kalesi. Nach Kriegen gegen Assyrer, Kimmerer und Skythen ging das Königreich im 6. Jahrhundert v. Chr. unter. Nach der armenischen Überlieferung war die Festung von Van durch die Königin Semiramis (Schamiram) erbaut worden. Sie galt als uneinnehmbar.

Van wurde Teil des Perserreiches. 331 v. Chr. eroberte Alexander dem Großen die Stadt. Nach dessen Tod war Van Teil des Seleukidenreiches. Im 2. Jahrhundert v. Chr. wurde Van zum Teil armenischer Königreiche.

Armenien wurde später zum Zankapfel zwischen Rom und den Parthern und deren Nachfolgern Byzanz und den Sassaniden.
Byzanz hatte die Kontrolle über Van, als dieses dann im 7. Jahrhundert n. Chr. von den muslimischen Arabern erobert wurde. Mit deren Rückzug etablierten sich wieder armenische Fürstentümer wie die Artsruni-Dynastie oder das Reich Vaspurakan. Vaspurakan hatte keine feste Hauptstadt, der König zog von Stadt zu Stadt. Van zählte auch zu diesen Städten. Im Jahr 1021 wurde Vaspurakan von Byzanz annektiert.

Im 11. Jahrhundert fielen die Seldschuken in Anatolien ein und übernahmen die Herrschaft über Van.
1240 eroberten die Mongolen das Gebiet um Van.
Im 14. Jahrhundert war Van Teil der Karakoyunlu und später des Timuridenreiches. Im 15. Jahrhundert geriet Van erneut in einen Konflikt zwischen den Reichen der Osmanen und der Safawiden und wurde 1502 von den Safawiden erobert.

Am 25. August 1548 konnten die Osmanen die Stadt endgültig erobern. Im Jahre 1894 kam es zu Massakern an der christlichen Zivilbevölkerung unter dem osmanischen Sultan Abdülhamid II.
Die Massaker von Diyarbakir 1895 griffen auch auf Van über. Dadurch wurde die nichtmuslimische Bevölkerung erstmals stark dezimiert.

Im zweiten Jahr des Ersten Weltkrieges 1915 unterstützten daher armenische Fedajin im Aufstand von Van die Streitkräfte des Russischen Reiches, die vom Kaukasus kommend und mit deren Hilfe Van am 20. Mai 1915 einnahmen. Am 7. April 1915 war die Stadt vollständig von 10.000 armenischen Rebellen umstellt. Die muslimische Bevölkerung versuchte aus Van zu flüchten. Die Bewohner der Dörfer in der Umgebung Vans, Derebey, Hakis, Zorova, Hıdır, Göllü, Şeyhane und Şeyhkara flüchteten in das Zentraldorf Zeve. Zeve wurde wenig später durch armenische Rebellen gestürmt, dabei starben 2.000 Muslime.

Der Osmanischen Armee gelang es, die Stadt im August 1915 wieder einzunehmen, verloren sie jedoch im September desselben Jahres abermals an die Russen. Im Zuge der Oktoberrevolution zog sich Russland aus Kleinasien zurück und so kamen Van und andere Städte wieder unter osmanische Herrschaft. Das Osmanische Reich verlor aber den Ersten Weltkrieg und so war im Vertrag von Sèvres die Abtretung weiter Teile des östlichen Territoriums des Reiches an ein unabhängiges Armenien vorgesehen. Diesem Vertrag widersetzten sich die türkische Nationalbewegung unter Kemal Pascha, dem späteren Kemal Atatürk. Ihre Truppen eroberten im Türkischen Befreiungskrieg Van im Jahre 1920 wieder von den Armeniern zurück. Daraufhin kam es zur Ermordung und Vertreibung der armenischen Bevölkerung, was u. a. die drastische Dezimierung der Bevölkerung von 1889 bis 1927 erklärt. Der heutige Grenzverlauf zwischen der Republik Türkei und Armenien wurde völkerrechtlich in den Verträgen von Alexandropol/Gümrü 1920 und Kars 1921 festgelegt. Der Vertrag von Kars wird jedoch bis heute von armenischer Seite nicht anerkannt.

Die HZ Ömer Camii

Die Stadt Van wurde während der Kämpfe von 1915 schwer beschädigt und wurde einige Kilometer östlich der Festung Vans neu errichtet. 1950 wurde Van durch ein Erdbeben beschädigt. Am 23. Oktober 2011 wurde die Stadt erneut von einem heftigen Erdbeben erschüttert, das ca. 1000 Menschen in der Region das Leben kostete.