Beschäftigt man sich mit der Geschichte von Kilistra stößt man auf unterschiedliche Aussagen und Interpretationen. Auch werden die Beschreibungen der antiken Siedlungen Kilistra und Lystra mit einander verwoben, obwohl die Orte 17 km auseinander liegen.

Ebenso verhält es sich mit der antiken Straße, über die der Apostel Paulus Lystra oder/und Kilistra besucht hat/haben soll.
Die einen Quellen datieren die Straße als die vom persischen König Darius erbaute "Royal Road" (Königsstraße) ins 5. Jahrhundert v. Chr., andere Quellen sehen in dieser Straße die römische "Via Sebaste", die vom Kaiser Augustus in Auftrag gegeben wurde. Diese Militärstraße führte vom Perge an der Mittelmeerküste über den Taurus nach Comama, weiter vorbei am Burdur Gölü nach Antiochia in Pisidien um dann nach Iconium (Konya) zu schwenken und von dort weiter nach Lystra und Derbe vermutlich zurück an die Mittelmeerküste zu führen. Mag sein, dass die Römer zum Bau der Via Sebaste Teilstücke der persichen Königsstraße nutzten.

Belegt ist, dass die Apostel Paulus und Barnabas auf ihrer ersten Missionsreise zweimal nach Perge kamen(Apostelgeschichte 13,13-14 und 14,25) und von dort weiter nach Norden (Antiochia in Pisidien) bzw. Osten (Ikonium) zogen. Nachvollziehbar ist, dass sie für ihre Reise die Via Sebaste nutzten.

Kilistra wurde höchstwahrscheinlich in der hellenistischen Zeit, im 2. Jahrhundert v. Chr. gegründet. Es liegt innerhalb der Grenzen des heutigen Dorfes Gokyurt, 17 km südöstlich vom antiken Lystra - heute nahe dem Dorf Hatunsaray - entfernt. Indizien sprechen dafür, dass das weiche Tuffgestein dazu führte, dass Kilistra als Zufluchtsort für die Bewohner Lystras diente. Von daher sind die Namen beider Stätten eng miteinander verknüpft. Es gilt als sicher, dass sich unter dem Hügel, auf dem das heutige Dorf Gokyurt erbaut wurde, eine unterirdische Stadt befindet.

Lystra selbst erhielt unter Augustus den Titel einer römischen colonia (Colonia Iulia Felix Gemina Lystra) und wurde der Provinz Galatien zugerechnet. Hier predigte der Apostel Paulus während seiner ersten Missionsreise 48 n. Chr. gemeinsam mit Barnabas das Evangelium, nachdem beide aus Ikonion geflüchtet waren.
Etwa im Jahr 370 kam die Stadt zur Provinz Lycaonia.
Zehn Jahre später sind die ersten Bischöfe nachweisbar. Am Konzil von Chalkedon im Jahr 451 nahm auch der Bischof von Lystra teil.

Ein Epitaph aus römischer Zeit, von einem heutigem Dorfbewohner geschickt als Schwelle eines Hauses genutzt, bestätigt den alten Namen der Siedlung.
Die Geschichte der Region reicht bis in die Bronzezeit zurück. Beleg dafür ist die 45 km südöstlich von Konya gelegene Jungsteinzeitliche Siedlung Çatalhöyük, die auf den Zeitraum zwischen 7500 und 5700 v. Chr. und ihrer Blütezeit um 7000 v. Chr. datiert wird.
Besiedlungsspuren in Kilistra deuten auf eine hellenistische und römische Periode (2. Jahrhundert v. Chr. - 3. Jahrhundert v. Chr.) der Besiedelung.

Die Menschen, die das Christentum in der frühen Römerzeit angenommen hatten, zogen sich vor der Verfolgung durch heidnische Eiferer und römische Soldaten u.a. in das bergige Gelände südlich Konya, auch in die Höhlenwohnungen und - kirchen in Kilistra, zurück.

In der byzantinischen Zeit wurden die Höhlenwohnungen erweitert, untereinander verbunden und zu unterirdischen Siedlungen zusammengeführt. Wie wir solche unterirdischen Städte aus Kappadokien kennen, waren diese von außen nicht zu erkennen. Die Baumeister waren auch Meister der Tarnung. Selbst Schornsteinöffnungen waren derart gut getarnt, dass sie von außen nur in unmittelbarer Nähe als solche erkannt werden konnten.

Die oberen Stockwerke waren vorwiegend als Wohn- und Schlafräume eingerichtet, aber auch eine Weinpresse, Kirchen und ein Klosterkomplex waren darin untergebracht. Haustiere wurden ebenfalls unterirdisch gehalten. In den unteren Stockwerken befanden sich Zisternen sowie Versammlungs- und Lagerräume.

Höhlenwohnungen im Dorf