Die Stadt Miletus (türkisch: Milet) teilte das gleiche Schicksal wie die Städte Herakleia am Latmos, Magnesia ad Maeandrum und Priene, sie wurden am falschen Ort gegründet. Was niemand wissen konnte war, dass der Fluss Mäander (türkisch: Büyük Menderes) durch die großen Mengen Sedimente die er schon immer mit sich trug, den gesamten Golf verlanden lies, sodass Herakleia zu einen Ort an einem Binnensee wurde und Priene heute weit im Landesinneren liegt. Milet selbst lag auf einer Landzunge, die in den damals vorhandenen Golf ragte. Seine wirtschaftliche Bedeutung erlange Milet durch seine vier Häfen, die sich in den rund um die Landzunge verteilten nutzbaren Buchten befanden.

Der Überlieferung nach wurde Miletus 1053 v. Chr. durch ionische Kolonisten neu gegründet. Durch die vier Häfen entwickelte sich Miletus ab dem 8.Jh.v.Chr. zu einem bedeutenden Umschlagplatz für den Handel mit dem Orient. Purpurne Stoffe aus Miletus waren ebenso wie sonstige Textilien, aber auch Wolle und Olivenöl begehrte Handelsgüter. Miletus stieg zu einer der bedeutendsten griechischen Stadt auf und übte zeitweise die Seeherrschaft über die Ägäis aus. Miletus gründete über 80 Kolonien. Unter anderem aufgrund seiner weitreichenden Handelsaktivitäten und der Zahl seiner Kolonien und wurde Miletus daher das Haupt Ioniens genannt.

Im 7. Jahrhundert v. Chr. kam es zu Konflikten der griechischen Städte an der Westküste Kleinasiens mit den benachbarten Reichen der Lyder und später der Perser. Im 6. Jahrhundert v. Chr. wurde die Stadt erst vom Lyderkönig Kroisos, dann von den Persern unter Kyros II. unterworfen. Ein von Miletus ausgehender Aufstand der ionischen Griechen (Ionischer Aufstand) gegen das Perserreich scheiterte. Miletus wurde 494 v. Chr. von den Persern erobert und zerstört.

Der Wiederaufbau Miletus wurde nach den Ideen des Hippodamos von Miletus streng rasterförmig durchgeführt. Bis zum Alexanderfeldzug stand die Stadt im 4.Jh. v. Chr. unter persischer Oberherrschaft. In hellenistischer Zeit herrschten verschiedene Mächte in Kleinasien, also auch über Miletus, das verstand sich zu behaupten. 133 v.Chr. wurde Miletus zusammen mit dem Königreich Pergamon an Rom vererbt und wurde Teil der römischen Provinz Asia.

Miletus blieb in der Folgezeit von untergeordneter Bedeutung, da die Römer Ephesos zur Hauptstadt ihrer Provinz Asia wählten. Trotzdem entstanden in der Kaiserzeit auch in Miletus zahlreiche repräsentative Bauten. Ebenso wie Ephesos gab es in Miletus eine frühe christliche Gemeinde. Das neue Testament berichtet in der Apostelgeschichte davon, dass sich der Apostel Paulus auf seiner letzten Missionsreise vor seiner Rückkehr nach Jerusalem in Ephesos von den Führern der Gemeinde verabschiedete.

An der Süd-Agora

In der Spätantike, also in der Zeit zwischen 280 und 560 n. Chr. ist ein starker Bevölkerungsrückgang zu verzeichnen. Zum Schutz vor feindlichen Überfällen befestigte man das große Theater und versah es zum Schutz an der höchsten Stelle mit einem Kastell. Im Zuschauerraum wurden Wohnhäuser errichtet. In dieser Zeit kam Miletus als Bischofssitz eine besondere Bedeutung zu. In osmanischer Zeit wählten die Fürsten von Menetsche zeitweise ihren Sitz in Miletus und ließen zahlreiche repräsentative Bauten. Ein Beispiel hierfür ist die hervorragend erhaltene Ilyas Bey Moschee nahe den Faustina-Thermen. In der Folgezeit wurde es still um Miletus. Bis zu einem schweren Erdbeben im Jahr 1955 befand sich auf dem Ruinengelände ein Dorf namens Balat. Nach dem Erdbeben wurde die Siedlung nach Süden, außerhalb des Stadtgebietes verlegt.