Die İsa Bey-Moschee (türkisch İsa Bey Camii) liegt in Selçuk am südwestlichen Fuß des Burghügels Ayasoluk unterhalb der Zitadelle und der Johannesbasilika. Sie umschließt ein Areal von etwa 56,5 × 48,5 m und besteht aus einem Arkadenhof und einem dreiteiligen Gebetsraum.

Durch das westlich gelegene Hauptportal, das von einer gezähnten Einfassung umgeben, abwechselnd mit gelblichen und weißen Steinen gemauert ist und oben von einem Muqarnas abgeschlossen wird, betritt man den Innenhof, von dessen Arkaden an drei Seiten nur noch einzelne Säulen zu sehen sind. Über dem Portal steht das einzig verbliebene Minarett, das zweite befand sich über dem gegenüberliegenden, bergseitigen Tor. Ein drittes, kleineres Tor liegt an der Nordseite.

Sultan İsa Bey I. (1360–1390), Sohn von Mehmet Bey, dem Begründer der seldschukischen Dynastie der Aydinogullari, die im 14. und 15. Jahrhundert in Westanatolien herrschte, ließ gemäß der Bauinschrift über dem Hauptportal, im Jahr 777 des islamischen Kalenders (1374 n. Chr.) die Moschee vom Damaszener Architekten Ali ibn el Dimiski im Typus einer arabischen Hofmoschee erbauen.

Das teilweise erhaltene Minarett

Bei den Erdbeben von 1653 und 1668 wurden die Arkaden des Innenhofs zerstört. Eines der beiden Minarette, die sich an den Nordost- und Nordwestecken des Gebetsraumes befanden, wurde komplett zerstört, das andere bis zum Balkon abgetragen.

Im Zentrum des Hofes befindet sich ein achteckiger Brunnen.

Die Tür mit drei spitzbogigen Durchgängen an der Südseite führt in den eigentlichen, dreiteiligen Gebetsraum von etwa 18 × 48 m. Der mittlere Teil mit Kanzel und Mihrab (Gebetsnische) ist von zwei osmanischen Kuppeln gekrönt, die innen mit türkisfarbenen und blauen Fayencen geschmückt sind. Die vier gewölbetragenden dunklen Granitsäulen stammen aus den Hafenthermen von Ephesos.

Nachdem das Gebäude lange Zeit zweckentfremdet und unter anderem als Karawanserei genutzt worden war, wurde die Moschee nach einer kompletten Restaurierung 1975 wieder eröffnet. 2005 wurde eine Renovierung vorgenommen, bei der unter anderem das Bleidach erneuert wurde.