Obwohl es von unten so aussieht, ist die Akropolis von Kaunos keine Burganlage im klassischen Sinne. Sie liegt auf einem steilen Kalksteinfelsen, 152 Meter über der Stadt. Von hier war die Stadt mitsamt der Hafeneinfahrt und weite Teile des Sumpfgebietes und heute fast verlandeten Delta des flussartigen Zulaufes des heutigen Dalyan-Çayı, einem schiffbaren Kanal zum Köyceğiz-See, gut zu überblicken.

Der unterhalb des Gipfels ist das Gelände in drei große Terrassen unterteilt, von denen die Größte den Gipfel an allen 4 Seiten umgibt. Es ist anzunehmen und durch Funde untermauert, dass diese in archaischer Zeit als sakraler Ort genutzt wurde, es sich in Gefahrenzeiten aber auch als befestigter Rückzugsort der Bewohner von Kaunos handelt. Vieles spricht dafür, dass es sich bei der Anlage um das Zeusheiligtum handelt, auf das in Inschriften hingewiesen wird.

Die heute von den Ruinen der Stadt, wie z. B. den römischen Bad oder dem Theater, sichtbaren Mauern stammen aus byzantinischer Zeit und belegen gleichzeitig die letzte Fase des Ausbaus der Akropolisbefestigung. Die etwa 35 Meter unterhalb des Gipfels verlaufende Mauern stammen, durch Unterscheidung der Bautechniken zu identifizieren, aus archaischer Zeit (750 - 475 v. Chr.) wie auch in der hellenistischen Epoche (323 v. Chr. - 30 v. Chr.). Sie wurden mehrfach instand gesetzt und in der Folgezeit immer wieder verstärkt und erweitert.

Kaunos war durch die Verlandung des Hafens und das malariaverseuchte und versumpfte Delta schon in byzantinischer Zeit nur noch von untergeordneter Bedeutung. In osmanischer Zeit zu einem Fischerdorf  mit kleiner Garnison heruntergekommen, verkam die Stadt in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts fast vollständig zu einer verlassenen Ruinenstadt.