Gegründet wurde die Stadt gegen Ende der Bronzezeit durch die Hethiter, die hier eine kleine Festung zum Schutz gegen die Kaschkäer errichteten und diese Hakmiş (Khakm(p)is) nannten. Die gut erhaltene Burg Amasya Kalesi, auch als Harşena Castle bekannt., liegt ca. 250 m über der Stadt, auf dem Berg Harşena.

Die Festung steht auf den Fundamenten einer kleinen Hethiterfestung und weist in Teilen noch hellenistisches Mauerwerk auf. In ihrer heutigen Form ist sie jedoch größtenteils byzantinisch. Stadt und Burg waren von einer teilweise heute noch gut erhaltenen Mauer eingefasst.

Amasya Kalesi wurde in den meisten historischen Kämpfen zerstört und wurde anschließend verändert wieder aufgebaut. Nachdem die Türken Amasya im Jahr 1075 eroberten, wurde die Burganlage grundlegend erneuert. Sie wurde bis ins 18. Jahrhundert genutzt, verlor aber dann die militärische Bedeutung.